프로젝트 기간제 근로자 계약만료 부당해고

저는 2012년 4월부터 프로젝트 계약직으로 근무해왔고 2017년 12월 17일 계약만료를 앞두고 있습니다.

프로젝트 계약직은 기간제법 제4조 제1항에 의거하여 2년이상 근로하여도 무기계약 전환 대상이 아님은 저도 잘 알고있습니다.

하지만 저는 프로젝트 업무 외에 직원들의 업무인 상시 행정업무를 5년 넘게 수행해왔기 때문에

서류상으로는 프로젝트 계약직이지만 실제로는 상시업무 계약직이고 2년 넘게 일했기 때문에 이미 무기계약 근로자 임을 주장하고자 합니다.

회사에서는 지난주에 계약만료 시점을 통보하며 퇴직확인서 제출을 요청해왔습니다.

저는 퇴직서류를 제출할 수 없음은 회사에 통보한 상태입니다.

계약만료에 의한 계약종료이기 때문에 별다른 해고통보를 받지는 못했지만

퇴직서류 요청 메세지를 해고통보로 간주하고 계약이 종료된 18일부터는 출근하지 않고

지방노동위원회에 부당해고 구제신청을 할 계획입니다.

이 경우 제가 18일부터 출근하지 않는 것이 추후에 있는 구제심의 과정에서 불이익으로 작용할 수 있을까요?

회사측에 계약만료가 부당함을 내용증명 등으로 알리고 출근하지 않는 것이 좋은 것일까요?

해고통보를 명확하게 받은 상황이라면 출근하지 않는 것이 분명할 것 같은데

계약만료를 인정하지 않으면서 출근하지 않는 것이 나중에 불리하게 작용할 수 있을 것 같아서요.

답변 부탁드립니다.